第一章总则
第一条为规范和加强国家自然科学基金重大项目（简称重大项目）管理。根据《国家自然科学基金项目管理规定》（以下简称《规定》），结合重大项目资助工作特点，制定本办法。
第二条重大项目要瞄准国家目标，把握世界科学前沿，根据国家经济、社会、科技发展的需要，重点选择具有战略意义的重大科学问题，组织学科交叉研究和多学科综合研究，进一步提升源头创新能力。重大项目主要资助：
（一）科学发展中具有战略意义，我国具有优势，可望取得重大突破，达到或接近国际先进水平的前沿性基础研究；
（二）国家经济发展亟待解决的重大科学问题，对开拓发展高新技术产业具有重要影响或有重大应用前景的基础研究；
（三）围绕国家可持续发展战略目标或为国家宏观决策提供依据的重要基础性研究，以及具有广泛深远影响的科学数据积累等基础性工作；
（四）基金面上、重点项目多年资助基础上凝练出来的、需加大资助力度可望取得重大突破的重大科学问题。
第三条申请重大项目须具备以下条件：
（一）明确的研究目标、创新的学术思想、合理可行的研究方案、厚实的研究工作基础和良好的研究条件，以及近期可望取得重大突破的研究前景；
（二）针对一个综合性科学问题，由紧密围绕项目总体目标相互配合、有机联系的课题组成。课题设置不宜过宽，参加单位和人员不宜过多；
（三）有学术造诣高、组织能力强、能率领研究队伍开拓创新的学术带头人和相应的研究梯队，形成国家水平的研究队伍，有利于促进人才培养及中青年学术带头人的成长。
第四条重大项目研究期限为四至五年。自然科学基金委鼓励开展高等学校、科研院所、产业部门的联合研究，并积极争取与有关部委、地方政府、企业联合资助重大项目。
第五条重大项目的组织以国家基础研究发展纲要和中长期规划为指导，注意与国家重点基础研究发展规划项目等国家其他科技计划的协调与衔接，重视发挥国家科学中心、国家工程中心、重大科学工程、国家重点实验室等重要研究基地的作用。
第六条重大项目按统一规划，分批立项；指南引导，定向申请；同行评议，逐项论证；动态管理，专家验收等方式组织实施。
第二章立项与申请
第七条根据国家基础研究发展战略和自然科学基金委优先资助领域，科学部在深入研讨和广泛征求科学家意见的基础上，征询科学部专家咨询委员会的意见，提出重大项目立项领域建议。
第八条科学部重大项目的立项领域建议，须组织有关专家（包括科学部专家咨询委员会部分成员）进行差额遴选，以记名投票、超过半数通过的方式确定，并经自然科学基金委委务会议（以下简称为委务会议）审定批准。
第九条跨科学部重大项目的立项领域建议应由两个以上（含两个）科学部联合提出，经委务扩大会议（由委领导、科学部兼职主任和部分科学部专家咨询委员会成员参加）差额遴选，以记名投票、超过半数通过的方式确定。项目立项的后续工作和组织实施由相关科学部组成的联合工作小组负责。
第十条相关科学部根据委务会议或委务扩大会议的立项审批意见，撰写申请指南，送分管委主任审签。
第十一条自然科学基金委公开向科学界发布《国家自然科学基金重大项目申请指南》，其内容包括：立项的研究领域、主要研究方向、资助经费额度和受理申请的科学部等。
第十二条凡符合《规定》的具有高级专业技术职务的科研人员，均可根据重大项目申请指南，通过依托单位定向提出申请。申请者（指项目、课题的申请人）及具有高级专业技术职务的项目组主要成员申请重大、重点项目的项数，限为一项。在研重大、重点项目的主持人、课题负责人及具有高级专业技术职务的项目组主要成员不得参加新的重大项目的申请。当年结题的重大、重点项目的在研人员可以提前申请，但需在该项目验收结题后方可承担新的重大项目。
第十三条根据《国家自然科学基金重大项目申请指南》，申请者可以在开展学术研讨的基础上联合组织重大项目的整体申请，也可针对指南某一研究方向单独提出课题申请。联合申请须填写国家自然科学基金重大项目申请书及所含课题申请书，单独申请须填写国家自然科学基金重大项目课题申请书。
第三章评审和批准
第十四条科学部对申请书初审后，按项目、课题研究内容组织同行评议，同行评议应有五份以上有效的评议意见，学科交叉申请应具有相关学科的有效同行评议意见。科学部汇总、综合分析同行评议意见，按择优原则提出召开评审论证会的建议，包括资助方案构架、申请者答辩名单、专家评审组组成等，经计划局复核后，送分管委主任批准。
第十五条重大项目评审采取论证会方式，论证会前需完成下列工作：
（一）科学部对评审方案中承担过重大、重点项目的项目负责人，应在原项目验收结题的基础上，认真考核其项目的完成情况并提交书面报告供专家组参考；
（二）联合资助的重大项目，资助各方应签署协议书，明确研究内容与目标、各方投入经费的数额与方式、各方权利和义务等。协议书须商计划局，经政策局核准后签署，分管委主任批准后，送计划局、财务局备案。
第十六条重大项目评审论证会，应就项目总体目标、研究方案、课题设置、研究队伍、工作基础、预期成果进行答辩和评审，以专家评审组记名投票、超过半数的方式通过确定评审结果并填写评审意见。
第十七条评审论证会确定的项目主持人和课题负责人，应根据评审意见修改、完善研究方案，填写国家自然科学基金资助项目计划书（项目、课题）和编制经费预算，报送科学部审查，计划局复核。经费预算由财务局审核。
第十八条自然科学基金委分管委主任受委务会委托审查评审意见及资助项目计划书（项目、课题），批准项目实施。自然科学基金委向项目主持人、课题负责人及其依托单位下达重大项目批准通知。重大项目、课题计划书及经费预算作为执行、检查和验收工作的依据。
第四章实施与管理
第十九条每个重大项目应推选出以项目主持人为首的学术领导小组并聘请项目组以外的专家参加。其主要职责是：发挥学术指导作用、促进交叉综合研究、推动国内外合作与交流。
学术领导小组根据科学前沿发展趋势和项目研究计划执行情况，可对研究内容、研究队伍及经费分配方案提出调整建议，必要时增加新的课题和研究单位或中止对某些研究内容和承担单位的资助，经科学部及分管委主任批准后实施。
第二十条项目主持人负责项目总体研究计划的实施，推动课题间的协作研究。每年至少召集一次学术交流和工作协调会议。负责向科学部报送项目研究工作年度报告、项目所属课题年度进展报告、项目中期进展报告、中期经费执行情况报告、项目及课题结题报告等。
课题负责人应围绕项目总体目标对课题研究计划实施及经费使用负责，做好与项目所属其他课题间的交叉与协同，负责撰写课题进展等相关报告并提交项目主持人。
第二十一条重大项目在执行中进行中期评估。专家评估组由相关科学部专家咨询委员会部分成员、评审论证会部分专家和项目组以外学术领导小组成员等（包括管理专家）组成，就项目及课题的进展情况、项目后期的实施方案及经费调整提出咨询评估意见。科学部根据专家评估组评估意见，提出调整方案并上报分管委主任批准后实施。
第二十二条自然科学基金委对重大项目实施动态管理，根据项目年度进展情况和中期评估结果，依照资助计划和调整方案按年度核准拨款。
第二十三条重大项目资助经费根据批准额度按年度进行预算，逐年审核与拨付。经费使用和管理严格执行《国家自然科学基金资助项目经费管理办法》。经费拨至项目主持人和课题负责人依托单位。重大项目资助经费除用于课题研究工作的直接需要外，另留有部分经费用于课题间的交叉研究、进展情况突出课题的经费增拨、工作交流、评估等活动需要。
第二十四条课题负责人的变更须通过依托单位，经项目主持人同意，由科学部审查，计划局复核，报分管委主任批准。
项目主持人变更，其更换人选由项目学术领导小组提出建议，科学部审查，计划局复核，报分管委主任批准。
项目主持人、课题负责人和具有高级专业技术职务的项目组成员，不得因申请新的重大、重点项目而退出正在承担的重大项目。
第二十五条课题的中止须由项目学术领导小组提出，科学部审核，计划局、财务局复核，报分管委主任批准，所余经费纳入该项目经费。
项目中止由科学部提出，计划局审核，委务会议审批，财务局备案，所余经费退回自然科学基金委。
第二十六条重大项目应积极开展国际合作与交流活动，并将其纳入项目研究计划，每年项目学术领导小组负责检查国际合作与交流计划的执行情况。
第二十七条重大项目研究形成的论文、专著、软件、数据库、专利以及鉴定证书、成果报道等，均须标明“国家自然科学基金资助项目”和项目批准号。联合资助项目的研究成果可同时标明联合资助单位名称。自然科学基金委仍将对重大项目结题后三年内进行跟踪管理，项目主持人、课题负责人应每年向科学部报送有关专著、论文发表及引用情况，成果获奖及推广效益情况等。
第二十八条重大项目应制订研究资源共享办法，项目组成员须共同遵守，保证课题之间的研究资源共享。
第二十九条重大项目依托单位应将研究任务列入本单位的重点科研计划，落实所需条件，加强监督检查，解决存在问题，确保研究工作的顺利进行。
第五章验收与结题
第三十条重大项目验收工作应在执行期限终止后六个月内完成，由科学部商项目主持人及项目学术领导小组，作出验收工作安排。联合资助的重大项目需与联合资助方协商，共同组织项目验收工作。
第三十一条重大项目验收的主要内容为：重大项目和课题规定的预期目标、研究内容的完成情况，研究成果和水平，人才培养、国际合作与交流、项目组织管理等。
第三十二条验收前项目及课题应提供以下材料：
（一）各课题负责人完成课题研究总结报告，于验收前两个月送项目主持人；
（二）项目主持人完成重大项目研究工作总结，于验收前一个月报送相关科学部；
（三）项目、课题经费决算（含五万元以上固定资产情况说明等）。
第三十三条科学部审核验收材料，提出拟聘验收专家组名单（由科学部专家咨询委员会部分成员、部分评审论证专家和管理专家等组成），商计划局报分管委主任核准后组织验收。项目、课题经费决算，由财务局组织审核。
第三十四条重大项目验收采取会议评议方式。验收专家在审阅验收资料和听取项目组汇报的基础上，经充分讨论，形成专家组验收意见。
第三十五条科学部根据专家组验收意见，提出项目结题审核意见，经计划局复核后，报分管委主任审查批准。
第三十六条重大项目验收结题批准后，自然科学基金委签署重大项目结题通知，与项目验收意见一并发至重大项目主持人依托单位，抄送课题负责人依托单位。
第三十七条重大项目结题通知发出后，应于三个月内完成在自然科学基金委和项目、课题依托单位的归档工作。
第六章附则
第三十八条本办法自公布之日起执行。1996年11月20日公布的《国家自然科学基金重大项目管理办法》同时废止。自然科学基金委以往公布的其他重大项目有关办法规定，凡与本办法不一致的，以本办法为准。
第三十九条本办法责成自然科学基金委计划局解释。