一、试点实施的原则和目标
为进一步加强基础和应用基础研究，提高我国科技持续创新能力，国家自然科学基金委员会（以下简称自然科学基金委）试点实施国家自然科学基金重大研究计划（以下简称研究计划）。
研究计划应适应基础研究的规律和特点，针对核心科学问题，整合与集成不同学科背景、不同学术思路和不同层次的项目（包括面上、重点和重大项目），形成具有统一目标的项目群，实施相对长期（6-8年）的支持，以促进学科交叉和学术争鸣，激励创新。
在国家科技发展总体布局和创新体系框架下，研究计划与国家其他重大科技计划构成链条和互补关系，注意与《国家重点基础研究发展规划》项目的协调配合。
借鉴国际大科学研究计划的组织经验，结合基金资助工作特点，构架研究计划的组织实施与管理模式。遴选采取上下结合原则；决策、执行与评估相对分离，适度交叉；基金资助管理与专家学术管理结合；资助管理实行跨学科联合工作方式。
二、研究计划的立项
提出《建议书》
围绕基础科学发展和国家战略需求，结合《国家重点基础研究发展规划纲要》和科学基金优先资助领域，自然科学基金委依照上下结合的原则，加强宏观指导，征求科学界的意见，选择具有战略意义的研究方向。明确总体目标及核心科学问题，组织成立专家组，起草并提出研究计划《建议书》。
《建议书》应包括：
（1）建议依据（战略需求，前瞻性，国际前沿与我国优势，在国家科技发展总体布局中的位置及与国家其他重大科技计划的关系等）；
（2）科学目标与核心科学问题；
（3）研究计划实施的初步框架；
（4）实施的基础与前景；
（5）研究计划学术指导专家组的建议名单；
（6）经费需求及预算框架。
立项遴选
召开委务扩大会议，由委务会议成员、科学部兼职主任和委外专家（不含建议的研究计划学术指导专家组成员）确定评议标准、评审程序和遴选办法。
委务扩大会在听取研究计划起草专家组论证报告的基础上，遴选与确定立项的研究计划及其资助规划框架与经费预算。
三、研究计划的管理体制
研究计划设立学术指导专家组、协调组和学科资助与管理联合工作组。
研究计划学术指导专家组（以下简称计划专家组）负责研究计划的科学规划、实施部署与学术指导。计划专家组由 7-9人组成，每两年更换2人。主要由不承担项目的专家和自然科学基金委1人组成。设组长1人，由不承担项目的专家担任。计划专家组成员年龄一般在65岁以下，累计工作时间不少于2个月/人年。专家任职期间一般不申请研究计划的项目。
研究计划协调组（以下简称计划协调组）主要负责对研究计划实施的宏观管理、协调及组织评估。计划协调组主要由1位自然科学基金委委领导（以下称计划主管委领导）、相关科学部若干人、计划专家组1人组成。
学科资助与管理联合工作组（以下简称学科联合工作组）由有关科学部的相关人员组成（以下简称学科联合工作组），负责组织研究计划项目（以下简称项目）的评审与资助工作。“学科联合工作组”由计划协调组组织。研究计划的主管科学部负责学科联合工作组的协调工作。
四、研究计划的组织实施
研究计划经委务扩大会议评审确定立项后，计划专家组可对研究计划的规划框架做进一步调整，提出研究计划《实施规划书》。《实施规划书》主要包括：科学目标与核心科学问题、实施方案、经费计划。
《实施规划书》及建议的计划专家组名单经计划协调组审核后报委务会议审查，批准研究计划实施。
《实施规划书》作为研究计划实施和评估的依据。
研究计划实施期间，计划专家组成员变动，须经计划协调组审查，并报计划主管委领导核准。
计划专家组主要负责研究计划的“顶层设计”和实施过程中的学术指导。
主要职责是:
（1）把握研究计划总体目标及核心科学问题，负责研究计划的总体部署与方案调整；
（2）提出年度拟启动的项目计划、指南及经费建议；
（3）组织学术研讨与交流，对在研项目给予学术指导，提出调整建议；
（4）承担项目评审和检查、验收的学术评估。定期出版《工作报告》（含研究计划实施、进展情况及对项目执行的评估意见等），报送自然科学基金委。研究计划实施期满，向自然科学基金委提交《研究工作总结报告》。
计划专家组设学术秘书2-3人，协助专家组处理日常事务。
计划协调组定期（2-3年一次）组织专家对研究计划的总体实施情况进行评估；研究计划实施结束后，计划协调组组织开展研究计划的绩效评估，并向委务会议提交评估报告。由委务会议批准研究计划实施结束。评估专家由计划协调组选聘，被评估的计划专家组成员应予回避。
五、项目资助、实施与管理
学科联合工作组根据计划专家组提出的年度资助项目计划，结合经费安排的可行性，落实研究计划的年度立项计划，经计划协调组审核批准后，发布项目申请指南。研究计划项目可相当于重大、重点或面上项目，但一般以重点或面上项目为主，执行期可为3-5年。
申请者应符合基金项目申请条件。申请者以及项目组具有高级专业技术职务的主要成员，申请和承担研究计划的项数限为一项。在研的面上、重点和重大项目可提出申请纳入研究计划。研究计划的重大、重点及面上项目视同相应的基金项目，申请者和项目组具有高级专业技术职务的主要成员均执行科学基金限项规定。
公布申请指南、受理申请、拨款及项目管理参照《国家自然科学基金重点项目管理办法》。项目组报送《申请书》、《年度报告》、《总结报告》使用与面上项目相同的表格和计算机录入程序，但需在封面注明研究计划字样及所属研究计划的名称。
学科联合工作组负责项目申请的资格审查、同行评议送评及意见汇总、组织评审会等工作。
同行评议及评审工作执行自然科学基金委回避与保密的有关规定。评审工作参照《国家自然科学基金重点项目管理办法》的有关条款执行。评议表一般使用与重点项目相同的表格，根据研究计划评议工作的需要亦可另行设计。
按研究计划召开项目评审会。评审组由计划专家组专家和部分同行评议专家组成，也可先由有关学科评审组评审，再由计划专家组复议。
学科联合工作组将评审结果报计划协调组审核，由计划主管委领导审查批准。学科联合工作组负责向项目主持人及其所在单位下达项目《批准通知》。
项目实行课题制。资助经费按项目逐项批准、核定、拨款。项目主持人对项目组织实施、计划执行与完成、经费核算负责。
项目组应积极参加计划专家组组织的学术研讨与交流活动。项目主持人应按时出席计划专家组与项目主持人联席会议，汇报研究进展和项目实施情况，听取计划专家组的意见。
项目验收需经计划专家组审核同意后，由学科联合工作组做出验收工作安排。项目结题由计划主管委领导核准。